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Nucleic Acids Research | 李磊课题组与合作者构建植物miRNA数据库

日期: 2019-11-05

2019年10月11日,北京大学生命科学学院李磊课题组与北京市农林科学院杨效曾课题组合作在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)发表题为“PmiREN: a comprehensive encyclopedia of plant miRNAs”的研究论文。《科技日报》随后以“我国科学家构建综合植物miRNA数据库”为题,报导了这一成果。PmiREN是一个涵盖88个植物物种、包含多种miRNA相关数据的数据库,将有助于推动植物miRNA功能与演化的研究,并促进miRNA基因资源的深入挖掘。

miRNA是真核生物中一类重要的具有转录后调控功能的内源小RNA,在植物的生长发育中扮演重要角色,影响器官发育、形态建成、开花、抗逆等重要生物学过程。得益于二代测序技术的发展,关于植物miRNA鉴定和功能的研究数据与日俱增,但除了少数模式植物之外,miRNA的相关数据多有疏漏。作者搜集了88个代表性植物的基因组序列及对应的1537个小RNA测序数据,利用作者最新发表的植物miRNA注释软件miRDP2,以统一流程和标准对这些物种进行了miRNA的鉴定注释工作,获得5757个家族共20388个高质量miRNA位点。此外,作者对各个miRNA对应的基因簇、共线性、表达模式、靶基因、参考文献等信息也进行了统一挖掘整理,一并呈现在数据库中。

PmiREN数据库包含88个代表性植物中miRNA的系统注释与比较信息

北京大学生命科学学院李磊研究员和北京市农林科学院杨效曾研究员为该论文共同通讯作者,北京大学生命科学学院博士研究生郭仲龙、北京大学前沿交叉学科研究院博士研究生匡正、北京大学李磊课题组博士后王颖、北京市农林科学院赵永欣博士为共同第一作者。该研究工作得到了国家自然科学基金、蛋白质和植物基因工程国家重点实验室、北京大学博雅博士后基金及北京市农林科学院的经费支持。

论文链接: